生物化学及分子生物学是我校重点学科。硕士点创建于2005年，现有硕士生导师14名，其中教授7名，副教授7 名。导师年富力强，全部具有博士学位，半数以上有过国外著名大学学习工作或进修的经历。
学科点有“植物基因功能研究所”、“微生物与免疫学研究所”等研究实体支撑，还有校重点实验室孢子植物与功能基因组学和上海市教委重点学科植物学相关研究平台，教学、科研设备优良。学科点承担了多项国家973、863、国家自然科学基金等高水平科研项目，科研项目数量多，经费充足，获得了一系列富有创造性的研究成果，与国内外许多高校和研究所及企业具有长期良好的合作关系，形成了理论和应用研究并重的优势和特色。
一、研究方向和师资力量
本学科目前设有四个研究方向: 植物功能基因组学、光信号与光合作用、发育分子生物学和生化药物学。
[1] 功能基因组学方向，导师：杨仲南教授、杨洪全教授、孙学武教授、明凤教授、崔永兰副教授、余庆波副教授、朱骏副教授
主要研究内容包括：运用植物学、生物化学和分子生物学、遗传学、细胞生物学和生物信息学等知识和技术，分离克隆叶绿体及花药发育的关键基因，阐明这些基因的功能，以及在叶绿体发育、光合作用和花药发育中的基因调控网络，为农作物杂交制种和提高作物产量提供基因资源。
[2] 光信号与光合作用方向，导师：黄继荣教授
主要研究内容包括：模式植物拟南芥、番茄为对象，运用分子遗传学、组学及生物信息学，研究光形态建成，信号传导、光合作用与光合效率。
[3] 发育分子生物学方向，导师：张森教授、徐麟教授、周欣副教授、于楠副教授
主要研究内容包括：模式植物拟南芥为材料，利用植物学、遗传学、细胞生物学和分子生物学实验手段研究植物发育的分子机理，对植物的花药花粉发育的分子机理作深入探讨。分离和克隆在植物发育过程中的重要调控基因，研究基因对植物发育的调控机理，以及不同调控基因之间的相互作用，最终将拟南芥研究成果向经济作物转化。
[4] 生化药物学方向，导师：杨晓彤研究员、陈建波副教授、张劲松教授
主要研究内容包括：以现代生物化学和分子生物学技术、酶工程技术、微生物发酵和组织培养技术、细胞工程和细胞生物学等技术为手段，分离、鉴定、表征、制取、修饰、转化、合成生物来源的活性物质并研究其作用机制；开发生化药物及功能性食品；研究生化药物及功能性食品制备的新工艺、新技术。
二、科研概况
近五年来共承担国家和地方的各类科研项目近40项，其中包括科技部重大科学研究计划（973）课题和子课题，863项目，国家自然科学基金重点项目，国家自然科学基金面上项目，国家自然科学青年基金项目，教育部优秀青年教师基金，上海市科委重大科技项目子课题，上海市生物医药重点项目，上海市教委重点项目及企业横向课题。
科研成果至2017年6月止已在SCI杂志上发表论文60多篇，其中Nature commun (影响因子12.124) 1篇，Plant Cell (影响因子8.688) 1篇，Mol Plant (影响因子8.827) 3篇，Plant Physiol (影响因子6.456) 6篇，Plant J (影响因子5.901) 5篇，ACS Macro Lett (影响因子5.242，SCI I区)1篇，Synthetic Metals (影响因子2.222，SCI II区) 1篇，J Agric Chem (影响因子2.6，SCI I区) 2篇；申请、获得中国发明专利30多项；获得省市级科研奖励6项；出版专著和教材4本、报批保健食品4项；研究成果参展中国国际工业博览会4次。
学科点科研设备条件优越，相关仪器设备总额超过1000万元，拥有：Zeiss激光共聚焦显微镜、ABI定量PCR仪、梯度PCR仪、Olympus荧光显微镜、荧光倒置显微镜、体视显微镜、Hitachi超速冷冻离心机、Beckman高速冷冻离心机、凝胶成像系统、Bio-Rad电击仪、石蜡切片机及超薄切片机、Beckman分析HPLC、Varian制备HPLC、GPC工作站、蛋白质纯化色谱系统、脉冲电泳系统、转移印迹电泳系统、Bio-Rad酶标仪、Sartorius超滤设备、喷雾干燥设备、浓缩提取设备、微波提取设备、VirTis冰冻干燥机、CO2培养箱、紫外可见分光光度仪、金标划膜仪、切条机、制冰机、超低温冰箱、恒温摇床、超纯水系统、生物安全柜等。
三、主要课程
综合英语、政治、生命科学研究进展、分子生物学原理与技术、生化分离分析技术、分子细胞生物学、生物信息学、基因组学、细胞培养技术、功能基因组学文献导读、微生物药物学、专业英语、英语口语、仪器分析、生物统计学等。
四、就业方向
生物化学与分子生物学是发展非常迅速的热门和前沿性学科，是当代生命科学发展的主流，同时也是现代生物学、医学、农学、食品科学等的核心学科之一，因此本专业的毕业生具有很好的就业前景。毕业生可以继续深造攻读博士学位，或可在科研、教育或其它事业单位以及公司、企业等从事与生物化学、分子生物学、制药、食品等相关方向的教学、科研、新产品研发等工作。